Fármacos Epigenéticos y Epitranscriptómicos / Epigenetic and Epitranscriptomic Pharmacological Compound

La actividad de nuestras células no solo depende de la secuencia desnuda de ADN sino también de las marcas químicas que controlan el material genético. El nivel regulatorio más reconocido en este ámbito es la epigenética. En la misma destacan la metilación del ADN y las modificaciones post-traduccionales de las histonas que confieren especificidad a la expresión genética y determinan la conformación tridimensional de nuestro genoma. Un segundo componente serían las modificaciones del ARN, un campo conocido como epitranscriptómica. Los cambios químicos de los ARNs tanto los codificantes como los mensajeros determinan la actividad de estas moléculas. Tanto el epigenoma como el epitranscriptoma sufren alteraciones profundas en la enfermedad, particularmente en cáncer. Sin embargo, al tratarse de modificaciones químicas plásticas y dinámicas, es posible revertir las mismas usando distintos principios farmacológicos. Los fármacos epigenéticos, como los inhibidores de la metilación del ADN y la desacetilación de histonas ya han sido aprobados para su uso clínico en oncología. Los fármacos epitranscriptómicos serán los próximos en alcanzar este objetivo.(AU)

The activity of our cells not only depends on the naked DNA sequence but also on the chemical marks that control the genetic material. The most recognized regulatory level in this field is epigenetics. This includes DNA methylation and post-translational modifications of histones that confer specificity to gene expression and determine the three-dimensional conformation of our genome. A second component would be RNA modifications, a field known as epitranscriptomics. Chemical changes in both coding and messenger RNAs determine the activity of these molecules. Both the epigenome and epitranscriptome undergo profound alterations in disease, particularly in cancer. However, since these are plastic and dynamic chemical modifications, it is possible to reverse them using different pharmacological principles. Epigenetic drugs, such as DNA methylation inhibitors and histone deacetylase inhibitors, have already been approved for clinical use in oncology. Epitranscriptomic drugs will be the next to achieve this goal.(AU)

Neurodegeneration and epigenetics: A review / Neurodegeneracion y epigenética: una revisión

Neuronal function and differentiation are tightly regulated by both genome and epigenome. Based on the environmental information the epigenetic changes occur. Neurodegeneration is the consequence of dysregulation of both the genome and epigenome. In this study, we saw different types of alterations of epigenome present in neuronal cells of different model organisms for neurodegenerative disorders. The epigenetic modifications including chromatin modification, DNA methylation, and changes in regulatory RNAs (miRNA) are having a great impact on neurodegenerative disorders as well as memory. The effects of these re-editing in the neuronal cells cause Alzheimer's disease, Parkinson's disease, Huntington's disease but an unusual form of neuroepigenetics has been seen in Prion Disease. Subsequently, for the development of treatment of these diseases, epigenetic modifications should be kept in mind. Although until now many reports came on drug discovery inhibiting histone deacetylases and DNA methyltransferases to reverse the epigenetic change but they lack targeted delivery and sometimes cause a cytotoxic effect on neuronal cells. In future, advancement in targeted and non-cytotoxic drugs should be the main focus for therapeutic treatment of the neurodegenerative disorders.(AU)

La función y diferenciación neuronales están reguladas en gran medida por el genoma y el epigenoma. Los estímulos ambientales producen cambios epigenéticos. La neurodegeneración es consecuencia de una alteración en el genoma y el epigenoma. Hemos analizado diferentes tipos de alteraciones del epigenoma presentes en células neuronales de diferentes modelos animales de enfermedad neurodegenerativa. Los cambios epigenéticos (modificación de la cromatina, metilación del ADN, cambios en los ARN reguladores [miARN]) tienen un impacto importante en las enfermedades neurodegenerativas y en la memoria. Dichos cambios en células neuronales causan diferentes enfermedades, como las de Alzheimer, Parkinson, y Huntington; sin embargo, las enfermedades priónicas muestran formas epigenéticas inusuales. Por tanto, el desarrollo de tratamientos para estas enfermedades debe considerar los cambios epigenéticos. Se han desarrollado diversos fármacos inhibidores de la histona deacetilasa y la ADN metiltransferasa, que revierten los cambios epigenéticos, pero no utilizan sistemas de liberación inteligente, por lo que a veces pueden producir efectos citotóxicos en las células neuronales. La investigación sobre tratamientos para las enfermedades neurodegenerativas debe centrarse en el desarrollo de fármacos no citotóxicos con sistemas de liberación inteligente.(AU)

Methylation analysis of Rb, P16, MGMT, and hMLH-1in mucoepidermoid carcinomas. A pilot study

Mucoepidermoid carcinoma (MC) is the most common malignant epithelial neoplasm in the salivary glands. This neoplasm has varying proportions of mucous, epidermoid, intermediate, columnar, and clear cells. MCs have been associated with CRTC1-MAML2 genes; however, their pathogenesis is uncertain. Recently, epigenetic changes have been considered a possible aetiologic factor. To identify the methylation state of RB, P16, MGMT, and hMLH genes in the three severity grades of MC were used five MCs and one healthy minor salivary gland as a control group (CG) obtained from the Pathology and Oral Medicine Laboratory and analyzed using MS-PCR to compare the presence or absence of methylation in promotor regions. The Kruskal- Wallis test was performed, with p≤0.05 considered significant. CG was employed as the normalizer of methylation levels. All assays were performed in triplicate. The mean age of our population was 52.6±18.6 years old; the total population was female and included 2 low grade, 2 intermediate grade, and 1 high grade levels of severity. When comparing the methylation status of the three histopathological grades of MC against the control, statistically significant differences were observed in Rb-M, MGMT-M, and hMLH-1-NM for high-grade severity, with p values of 0.03, 0.05, and 0.04, respectively. Methylation is a possible mechanism for pathogenesis processing of high-grade MC. However, a larger sample population is necessary to validate this finding.

El carcinoma mucoepidermoide (CM) es la neoplasia epitelial maligna más frecuente de glándulas salivales. Esta neoplasia tiene proporciones variables de células mucosas, epidermoides, intermedias, cilíndricas y claras. Los CM se han asociado con los genes CRTC1-MAML2; sin embargo, su patogenia es incierta. Recientemente, los cambios epigenéticos se han considerado un posible factor etiológico. Para identificar el estado de metilación de los genes RB, P16, MGMT y hMLH en los tres grados de severidad de CM se utilizaron cinco CM y una glándula salival menor sana como grupo control (GC) obtenidos del Laboratorio de Patología y Medicina Oral y analizados mediante MS-PCR para comparar la presencia o ausencia de metilación en regiones promotoras. Se realizó la prueba de Kruskal-Wallis, considerándose significativa una p≤0,05. Se empleó GC como normalizador de los niveles de metilación. Todos los ensayos se realizaron por triplicado. La edad media de nuestra población fue de 52,6 ± 18,6 años; la población total era femenina e incluía 2 niveles de severidad de grado bajo, 2 de grado intermedio y 1 de alto grado. Al comparar el estado de metilación de los tres grados histopatológicos de CM contra el GC, se observaron diferencias estadísticamente significativas en Rb-M, MGMT-M y hMLH-1-NM para severidad de alto grado, con valores de p de 0.03, 0.05, y 0,04, respectivamente. La metilación es un posible mecanismo para el procesamiento de patogénesis de CM de alto grado. Sin embargo, se necesita una población de muestra más grande para validar este hallazgo.

No association between war-related trauma or PTSD symptom severity and epigenome-wide DNA methylation in Burundian refugees.

Background: War-related trauma is associated with varying posttraumatic stress disorder (PTSD) prevalence rates in refugees. In PTSD development, differential DNA methylation (DNAm) levels associated with trauma exposure might be involved in risk versus resilience processes. Studies investigating DNAm profiles related to trauma exposure and PTSD among refugees remain sparse.Objective: The present epigenome-wide association study investigated associations between war-related trauma, PTSD, and altered DNAm patterns in Burundian refugee families with 110 children and their 207 female and male caregivers.Method: War-related trauma load and PTSD symptom severity were assessed in structured clinical interviews with standardised instruments. Epigenome-wide DNAm levels were quantified from buccal epithelia using the Illumina EPIC beadchip.Results: Controlling for biological confounders, no significant epigenome-wide DNAm alterations associated with trauma exposure or PTSD were identified in children or caregivers (FDRs > .05). Co-methylated positions derived as modules from weighted gene correlation network analyses were not significantly associated with either war-related trauma experience in children or caregivers or with PTSD.Conclusions: These results do not provide evidence for altered DNAm patterns associated with exposure to war-related trauma or PTSD.

The study examines an understudied population in epigenome-wide association studies.Burundian refugees' war-trauma, PTSD, and DNA methylation were studied.Epigenome-wide DNA methylation was not significantly associated with war-trauma or PTSD in the conflict-affected sample.

Neurodegeneration and epigenetics: A review.

Neuronal function and differentiation are tightly regulated by both genome and epigenome. Based on the environmental information the epigenetic changes occur. Neurodegeneration is the consequence of dysregulation of both the genome and epigenome. In this study, we saw different types of alterations of epigenome present in neuronal cells of different model organisms for neurodegenerative disorders. The epigenetic modifications including chromatin modification, DNA methylation, and changes in regulatory RNAs (miRNA) are having a great impact on neurodegenerative disorders as well as memory. The effects of these re-editing in the neuronal cells cause Alzheimer's disease, Parkinson's disease, Huntington's disease but an unusual form of neuroepigenetics has been seen in Prion Disease. Subsequently, for the development of treatment of these diseases, epigenetic modifications should be kept in mind. Although until now many reports came on drug discovery inhibiting histone deacetylases and DNA methyltransferases to reverse the epigenetic change but they lack targeted delivery and sometimes cause a cytotoxic effect on neuronal cells. In future, advancement in targeted and non-cytotoxic drugs should be the main focus for therapeutic treatment of the neurodegenerative disorders.

Asociación entre metilación del ADN y tabaquismo en pacientes con isquemia crónica amenazante de extremidades inferiores / Association between DNA methylation and smoking in patients with chronic limb-threatening ischemia

Introducción y objetivo: estudiar la asociación entre tabaquismo y el nivel de metilación de dos regiones genómicas en pacientes con enfermedad arterial periférica (EAP). Método: estudio transversal de 297 pacientes (edad media: 69,6 años; varones: 78,5 %) diagnosticados de isquemia crónica de extremidades inferiores en diferentes estadios clínicos entre marzo de 2016 y diciembre de 2019en el servicio de cirugía vascular del Hospital del mar (Barcelona). Se analizó la metilación de Cg02156642 y deCg03636183 asociados en otros estudios al tabaquismo. Se realizó una regresión lineal múltiple para discriminar lasvariables asociadas al nivel de metilación. Se calculó el área bajo la curva ROC para discriminar el nivel de metilaciónentre fumadores y no fumadores. Resultados: de la muestra, 46 pacientes (15,5 %) eran no fumadores; 132 (44,4 %), exfumadores y 119 (40,1 %),fumadores. No se observó una asociación entre la exposición al tabaco y el nivel de metilación del Cg02156642,pero sí con el de Cg03636183: los fumadores presentaban menor nivel de metilación y, además, a más carga detabaco menos metilación (Rho de Spearman: -0,324; p < 0,001).Un nivel de metilación en este CpG del 80 % tiene una sensibilidad (S) del 90,0 % y una especificidad (E) del83,5 % para discriminar entre fumadores y nunca fumadores. Para discriminar entre fumadores y exfumadores,un nivel de metilación del 75 % tiene una S del 69 % y una E del 56,9 %.Al ajustar por todas las variables relacionadas con la metilación, la magnitud de esta asociación entre Cg03636183y tabaquismo se mantenía signifi cativa entre los nunca fumadores y los fumadores. Conclusiones: la metilación del cpg cg03636183 se asocia a tabaquismo en pacientes con eap y está directamenterelacionada con la carga de tabaco. Este biomarcador podría utilizarse en la práctica clínica para valorar el consumode tabaco de nuestros pacientes.(AU)

Introduction and objective: to study the association between smoking and the methylation level of 2 genomicregions in patients with peripheral artery disease (PAD). Method: cross-sectional study of 297 patients (mean age, 69.6 years; males, 78.5%) diagnosed with chronic lowerextremity ischemia at various clinical stages from march 2016 through December 2019 at the Vascular Surgery Unitof Hospital del mar, Barcelona, Catalonia, Spain. methylation analysis of Cg02156642 and Cg03636183, previouslyassociated with smoking in former studies was performed. multiple linear regression was conducted to identifyvariables associated with methylation levels. The area under the ROC curve was estimated to discriminate meth-ylation levels between smokers and non-smokers. Results: among the sample, 46 patients (15.5%) were non-smokers, 132 (44.4%) were former smokers, and 119(40.1%) were current smokers. No association was seen between tobacco exposure and methylation levels ofCg02156642. However, an association was found with Cg03636183: smokers had lower methylation levels, anda higher smoking load was associated with lower methylation (Spearman's Rho, -0.324; p < .001). A methylationlevel of 80% in this region showed a 90.0% sensitivity and an 83.5% specificity to discriminate between smokersand never smokers. To discriminate between smokers and former smokers, a methylation level of 75% had an 69%sensitivity and an 56.9% specificity. After adjusting for all variables associated with methylation, the associationbetween Cg03636183 and smoking remained significant among never smokers and smokers. Conclusions: methylation of the Cg03636183 region is associated with smoking in patients with PAD and is directlyassociated with the smoking load. This biomarker could be used in the routine clinical practice to assess tobaccouse in our patients.(AU)

Hepatocellular carcinoma in Peru: A molecular description of an unconventional clinical presentation.

INTRODUCTION AND AIM: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the third most frequent cancer of digestive tract tumors in Peru, with a high mortality rate of 17.7 per 100,000 inhabitants. A significant number of HCC cases in Peru do not follow the classic clinical epidemiology of the disease described in other parts of the world. Those patients present with a distinct transcriptome profile and a singular tumor process, suggesting a particular type of hepatocarcinogenesis in a portion of the Peruvian population. Our aim was to understand the clinical and biologic involvement of the epigenetic profile (methylation) and gene expression (transcriptome) of HCC in Peruvian patients. METHODS: HCC and liver transcriptome and DNA methylation profiles were evaluated in 74 Peruvian patients. RESULTS: When grouped by age, there was greater DNA methylation in younger patients with HCC but no differences with respect to the transcriptomic profile. A high prevalence of the hepatitis B virus (HBV) (>90%) was also observed in the younger patients with HCC. Enrichment analyses in both molecular profiles pinpointed PRC2 as an important molecular effector of that liver tumor process in Peruvian patients. CONCLUSION: HCC in Peruvian patients has a unique molecular profile, associated with the presence of HBV, as well as overall DNA hypermethylation related to undifferentiated liver cells or cellular reprogramming.

Fisiopatología de la programación fetal y su repercusión en la salud futura / Pathophysiology of fetal programming and its impact on the future health

Resumen ANTECEDENTES: Durante la vida intrauterina, las alteraciones en el microambiente fetal causadas por desequilibrios nutricionales y metabólicos de la madre pueden dejar huellas epigenéticas y efectos persistentes en la vida adulta de su hijo que habrán de predisponerlo a enfermedades crónicas futuras. OBJETIVO: Llevar a cabo una revisión sistemática de la fisiopatología de la programación fetal y su repercusión en la salud futura del feto. METODOLOGÍA: Búsqueda en la base de datos de PubMed de artículos publicados, en los últimos 10 años, en inglés o español, con los MeSH "fetal programming"; "pathophysiology", con su correspondiente traducción. Se incluyeron artículos originales y de revisión con criterios PRISMA para revisiones sistemáticas. RESULTADOS: Se encontraron 38 artículos, y se agregaron 7 de información complementaria y sustento para la discusión. En su análisis queda clara la relación entre las condiciones fisiopatológicas reportadas de desnutrición, sub y sobrealimentación, diabetes mellitus gestacional, obesidad, resistencia a la insulina, glucocorticoides y preeclampsia con enfermedades de la infancia, adolescencia y adultez. Se encontró evidencia de disruptores endocrinos, melatonina y disbiosis con enfermedades de la infancia y vida adulta. Así mismo, la interrupción de la angiogénesis durante el desarrollo pulmonar que conduce a hipertensión arterial pulmonar y enfisema, todo ello originado por la programación fetal epigenética. Se encontraron diferencias en el patrón de metilación de placentas prematuras en comparación con las de término. CONCLUSIONES: Las anormalidades que sobrevienen durante el embarazo modifican la programación fetal y dan pie a las enfermedades que aparecerán durante la infancia, adolescencia y adultez, como consecuencia de los cambios en el patrón de metilación de los genes.

Abstract BACKGROUND: During intrauterine life, alterations in the fetal microenvironment caused by maternal nutritional and metabolic imbalances may leave epigenetic imprints and persistent effects on fetal adult life that will predispose the fetus to future chronic diseases. OBJECTIVE: To carry out a systematic review of the pathophysiology of fetal programming and its impact on the future health of the fetus. METHODOLOGY: Search in the PubMed database of articles published in the last 10 years, in English or Spanish, with the MeSH "fetal programming"; "pathophysiology", with their corresponding translation. Original and review articles with PRISMA criteria for systematic reviews were included. RESULTS: Thirty-eight articles were found, and seven were added for complementary information and support for discussion. In their analysis the relationship between the reported pathophysiological conditions of under-, under- and over-nutrition, gestational diabetes mellitus, obesity, insulin resistance, glucocorticoids and pre-eclampsia with diseases of childhood, adolescence and adulthood is clear. Evidence of endocrine disruptors, melatonin and dysbiosis was found with diseases of childhood and adulthood. Also, disruption of angiogenesis during lung development leads to pulmonary arterial hypertension and emphysema, all caused by epigenetic fetal programming. Differences were found in the methylation pattern of preterm placentas compared to term placentas. CONCLUSIONS: Abnormalities that occur during pregnancy modify fetal programming and give rise to the diseases that will appear during childhood, adolescence, and adulthood, because of changes in the methylation pattern of genes.

Efectos de un programa de entrenamiento aeróbico en el tiempo de reacción y la metilación de ADN del gen SHANK3 en niños con trastorno de espectro autista: un estudio piloto / Effects of an Aerobic Training Program on Reaction Time and DNA Methylation of SHANK3 Gene in Children with Autism Spectrum Disorder: a Pilot Study

Introducción. El trastorno del espectro autista (TEA) es un trastorno del neurodesarrollo que provoca déficits en áreas cognitivas y motoras y es causado por varios mecanismos, entre ellos la regulación epigenética. Los procesos epigenéticos pueden verse influenciados por factores ambientales como el ejercicio físico. Objetivo. Analizar el efecto de un programa de ejercicio físico aeróbico (EFA) en el tiempo de reacción simple (TRS) y la metilación del ADN de la isla 2 del gen SHANK3 en niños con TEA. Materiales y métodos. Estudio cuasiexperimental realizado con un grupo de 9 niños (7-11 años) con TEA, que participaron en un programa de EFA de 10 semanas. Las diferencias en el TRS y la metilación de ADN fueron analizadas mediante la prueba de Kruskall-Wallis, considerando un nivel de significancia de p<0.05.Resultados. La mediana del TRS disminuyó después del programa de entrenamiento. Sin embargo, no se encontró una diferencia estadísticamente significativa (p=0.53). Se observó un patrón de hipermetilación en 11 de los dinucleótidos, tanto antes como después del entrenamiento, y se encontró una diferencia estadísticamente significativa en la posición CpG108 (p=0.032). Conclusión. Un programa de entrenamiento basado en EFA de intensidad moderada a vigorosa tiene el potencial de modificar el TRS y la metilación del ADN en niños con TEA. No obstante, es necesario realizar nuevos estudios con muestras más grandes y en los que se analicen más genes, para corroborar los resultados aquí descritos y fortalecer el conocimiento sobre el efecto del ejercicio en los procesos epigenéticos de esta población

Introduction. Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental disorder that produces cognitive and motor deficits and it is caused by several mechanisms, including epigenetic regulation. Epigenetic processes can be influenced by environ-mental factors such as physical exercise.Objective. To analyze the effect of an aerobic physical exercise (APE) program on simple reaction time (SRT) and DNA methylation of island 2 of the SHANK3 gene in children with ASD.Materials and methods. A quasi-experimental study was carried out on a group of 9 children (7-11 years old) with ASD, who participated in a 10-week APE program. Differences in SRT and DNA methylation were analyzed using the Kruskall-Wallis test by considering a significance level p<0.05.Results. The median SRT decreased after the training program. However, no sta-tistically significant difference was found (p = 0.53). A pattern of hypermethylation was observed in 11 dinucleotides, both before and after training, and a statistically significant difference was found in the CpG108 position (p = 0.032).Conclusion. A moderate to vigorous intensity of APE program has the potential to modify SRT and DNA methylation in children with ASD. However, it requires further studies with larger samples in which more genes are analyzed, to corroborate the results described here and strengthen knowledge about the effect of exercise on the epigenetic processes of this population

Bases neuroquímicas de la transmetilación aberrante de neuroaminas y su relación con el metabolismo de la vitamina B12 y el ácido fólico / Neurochemical basis of the aberrant transmethylation of neuroamines and its relationship with the metabolism of vitamin B12 and folic acid / Bases neuroquímicas da transmetilação aberrante de neuroaminas e sua relação com o metabolismo da vitamina B12 e ácido fólico / Reconocimiento a la trayectoria del Prof. Dr. Juan Miguel Castagnino†

Resumen En este trabajo se analizan las alteraciones que pueden ocurrir en el proceso de metilación vía los ciclos de metionina y de folato, dando lugar a disfunciones que se manifiestan en problemas de salud mental, dentro de las cuales se incluye la esquizofrenia. Se discuten las alteraciones en los sistemas neurobiológicos observadas en el espectro esquizofrénico, en particular la transmetilación patológica, y se destacan las investigaciones que contribuyeron a demostrarla, incluyendo las de este grupo de investigación. Se abordan la disfunción mitocondrial, el estrés oxidativo, la proteómica y las regulaciones epigenéticas, como la metilación del ADN. Las disfunciones de la señalización de serotonina y del gen HTR2A participan en su desarrollo. Se han investigado las alteraciones neurometabólicas en cuadros psicóticos, fundamentalmente en indolalquilaminas. Se observó una correlación exhaustiva entre la actividad transmetilante, la hipoactividad de monoaminooxidasa (MAO), la alteración de las MAO intra y extracelulares y la presencia de indolalquilaminas metiladas en orina en varios fenotipos esquizofrénicos, con un 94,1% de actividad de transmetilación superior a la normal. Se demostró in vivo, en conejos, que la N,N-dimetiltriptamina permaneció en el cerebro hasta 7 días después de administrarla, a diferencia de la serotonina y la triptamina. Principalmente, los receptores sigma-1 y 5-HT2a-mGlu2 y los transportadores SERT y VMAT2 permitieron explicar el comportamiento.

Abstract Alterations that may occur in the methylation process via folate and methionine cycles, resulting in dysfunctions evidenced in psychiatric disorders such as schizophrenia are analysed. The changes in neurobiological systems related to the pathogenesis of schizophrenia, in particular pathological transmethylation, are discussed highlighting research that contributed to prove it, including those of this research group. Mitochondrial dysfunction, oxidative stress, proteomics, and epigenetic regulations such as DNA methylation are discussed. Dysfunctions of serotonin signaling and HTR2A gene are involved in the development of schizophrenia. The neurometabolic alteration of schizophrenia was investigated, focusing on indolealkylamines. An exhaustive correlation between transmethylation activity, monoamine oxidase (MAO) hypoactivity, intra- and extracellular MAOs alteration, and the occurrence of methylated indolealkylamines in urine of several schizophrenic phenotypes, with 94.1% transmethylation activity above normal were observed. It was demonstrated in vivo in rabbits that N,N-dimethyltryptamine remained in the brain, even 7 days after administration, unlike serotonin and tryptamine. Mainly sigma-1 and 5-HT2A-mGlu2 receptors as well as SERT and VMAT2 transporters made it possible to explain this behaviour.

Resumo As alterações que podem ocorrer no processo de metilação através de ciclos de folato e de metionina, resultando em disfunções reveladas em distúrbios psiquiátricos, tais como esquizofrenia, são analisadas. As alterações nos sistemas neurobiológicos relacionadas com a etiopatogenia da esquizofrenia, são discutidas, em particular a transmetilação patológica, destacando as pesquisas que contribuíram para demonstrá-la, incluido as deste grupo de investigação. A disfunção mitocondrial, estresse oxidativo, proteômica e regulação epigenética como metilação do DNA na esquizofrenia são discutidos. As disfunções da sinalização da serotonina e do gene HTR2A estão envolvidas na patogênese. Investigamos a alteração neurometabólica da esquizofrenia, com foco em indolalquilaminas. Houve uma correlação exaustiva entre a atividade transmetilante, a hipoatividade de MAO, a alteração das MAO intra e extracelular, e a presença na urina de indolalquilaminas metiladas em vários fenótipos esquizofrênicos, com 94,1% de atividade de transmetilação acima do normal. Demonstramos in vivo em coelhos como N,N-dimetiltriptamina permaneceu no cérebro 7 dias após administrá-la, ao contrário de serotonina e triptamina. Principalmente receptores sigma-1 e 5-HT2A-mGlu2 , e os transportadores SERT e VMAT2 permitiram explicar o comportamento.

Serotonin transporter gene methylation and emotional regulation in preschool children born preterm: A longitudinal evaluation of the role of negative emotionality in infancy.

The aim of the study was to assess the contribution of negative emotionality at 3 months (T1) and serotonin transporter gene (SLC6A4) DNA methylation at 4.5 years of age (T2) to emotion regulation in pre-schoolers born very preterm and full-term. Forty one children (n = 21 born very preterm, n = 20 born full-term) participated in the study. Fretful behavior was assessed at T1 in response to the Face-to-FaceStill-Face (FFSF) paradigm. At T2, SLC6A4 DNA methylation was analyzed and emotion regulation was assessed using an observational procedure (i.e., the Pre-schooler Regulation of Emotional Stress, PRES). The very preterm group displayed higher emotion dysregulation during the PRES Reactivity phase than the full-term group. Higher levels of fretful behavior at 3 months were associated with greater emotional distress only for very preterm children with higher methylation at T2. No significant associations emerged in the full-term group. Despite current findings cannot be generalized owing to the relatively small sample size, this work provides preliminary longitudinal evidence about the link between negative emotionality during infancy, stress-linked epigenetic status at 4.5 years and emotion dysregulation in preschoolers born preterm.

El propósito del estudio fue evaluar la contribución de la emocionalidad negativa a los 3 meses (T1) y la metilación del ADN en el gen transportador de la serotonina (SLC6A4) a los 4 años y medio de edad (T2) a la regulación de la emoción en prescolares nacidos muy antes de la gestación completa o de gestación completa. Cuarenta y un niños (n = 21 nacidos muy antes de la gestación completa, n = 20 nacidos de gestación completa) participaron en el estudio. El comportamiento irritable se evaluó a T1 como respuesta al Cara-a-Cara del paradigma de la Cara Inmóvil (FFSF). A T2, se analizó la metilación de ADN SLC6A4 y se evaluó la regulación de la emoción usando un procedimiento de observación (v.g. La Regulación del Estrés Emocional del Prescolar, PRES). El grupo nacido muy antes de la gestación completa mostró una más alta desregulación durante la fase de Reactividad PRES que el grupo nacido de gestación completa. Los niveles más altos de comportamiento irritable a los 3 meses se asociaron con una mayor angustia emocional solamente para los niños nacidos muy antes de la gestación completa con más alta metilación al T2. Ninguna asociación significativa surgió del grupo nacido de gestación completa. A pesar de que los actuales resultados no se pueden generalizar debido al tamaño relativamente pequeño del grupo muestra, este trabajo ofrece aporta evidencia longitudinal preliminar acerca de la conexión entre la emocionalidad negativa durante la infancia, el estado epigenético relacionado con el estrés a los 4 años y medio y la desregulación de la emoción en prescolares nacidos antes de la completa gestación.

Le but de cette étude était d'évaluer la contribution de l'émotivité négative à 3 mois (T1) et du gène vecteur de la sérotonine (SLC6A4) méthylation de l'ADN à l'âge de 4,5 ans (T2) à la régulation de l'émotion chez les enfants d'âge préscolaire nés très prématurés et à plein terme. Quarante et un enfant (n = 21 nés très prématurés, n = 20 nés à plein terme) ont participé à l'étude. Le comportement agité a été évalué au T1 en réponse au paradigme face-à-face visage inexpressif (abrégé FFSF en anglais). Au T2, la méthylation de l'ADN SLC6A4 a été analysée et la régulation de l'émotion a été évaluée en utilisant un protocole d'observation (à savoir, la Régulation du Stress Emotionnel de l'Enfant d'Age Préscolaire, abrégé en anglais PRES). Le groupe très prématuré a fait état d'une dysrégulation de l'émotion plus élevée durant la phase de Réactivité PRES que le groupe né à plein terme. Des niveaux plus élevés de comportement agité à 3 mois étaient liés à une détresse émotionnelle plus grande uniquement pour les enfants très prématurés avec une méthylation plus élevée au T2. Aucune association importante n'a émergé dans le groupe à plein terme. En dépit du fait que les résultats actuels ne peuvent pas être généralisés à cause de la taille relativement petite de l'échantillon, ce travail offre des preuves longitudinales préliminaires sur le lien entre l'émotivité négative durant la petite enfant, le statut épigénétique lié au stress à 4,5 ans et la dysrégulation de l'émotion chez les enfants d'âge préscolaires nés avant terme.

Patrón de metilación en ADN de sujetos hipertrigliceridémicos / DNA methylation pattern of hypertriglyceridemic subjects

ANTECEDENTES:Las quilomicronemias generalmente se diagnostican genéticamente mediante secuenciación genómica o cribado de mutaciones en genes causales con un gran efecto fenotípico. Esta estrategia ha permitido mejorar la caracterización de estos pacientes, pero aún tenemos un 30% de ellos sin un diagnóstico genético concluyente. Es por esto que hipotetizamos que añadiendo el componente epigenético podemos mejorar el diagnóstico genético y para ello hemos explorado el grado de metilación en el ADN de pacientes hipertrigliceridémicos. METODOLOGÍA: El ADN de células sanguíneas fue obtenido de 16 pacientes hipertrigliceridémicos y de 16 sujetos control emparejados por edad y sexo. El grado de metilación en el ADN de todo el genoma fue determinado mediante el Illumina® Infinium MethylationEPIC Array Analysis. RESULTADOS: Identificamos 31 citosinas diferencialmente metiladas al comparar los patrones de metilación que presentaban los pacientes hipertrigliceridémicos vs. los sujetos control. La cg03636183 en el gen F2RL3 estaba un 10% hipometilada en los pacientes hipertrigliceridémicos, y ha sido previamente asociada a un mayor riesgo cardiovascular. La cg13824500 está un 10% hipometilada en pacientes hipertrigliceridémicos y se localiza en VTI1A, que es un gen limitante en el tránsito de los quilomicrones en el enterocito a través del retículo endoplásmico y el aparato de Golgi. La cg26468118 en el gen RAB20 (13% hipometilada) y la cg21560722 en el gen SBF2 (33% hipermetilada) están implicadas en la regulación de vesículas del aparato de Golgi. CONCLUSIONES: Nuestros resultados evidencian que existen regiones diferencialmente metiladas relacionadas con la formación de los quilomicrones en pacientes hipertrigliceridémicos.

BACKGROUND: Chylomicronemias are generally diagnosed genetically by genomic sequencing or screening for mutations in causal genes with a large phenotypic effect. This strategy has allowed to improve the characterization of these patients, but we still have 30% of the patients without a conclusive genetic diagnosis. This is why we hypothesize that by adding the epigenetic component we can improve the genetic diagnosis, and for this we have explored the degree of methylation in the DNA of hypertriglyceridemic patients. METHODOLOGY: Blood cell DNA was obtained from 16 hypertriglyceridemic patients and from 16 age- and sex-matched control subjects. The degree of methylation in genome-wide DNA was determined using the Illumina® Infinium Methylation EPIC Array Analysis. RESULTS: We identified 31 differentially methylated cytosines by comparing the methylation patterns presented by hypertriglyceridemic patients vs. control subjects. The cg03636183 in the F2RL3 gene was 10% hypomethylated in hypertriglyceridemic patients, and has previously been associated with an increased cardiovascular risk. Cg13824500 is 10% hypomethylated in hypertriglyceridemic patients and is located in VTI1A, which is a limiting gene in the transit of chylomicrons in the enterocyte through the endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus. Cg26468118 in the RAB20 gene (13% hypomethylated) and cg21560722 in the SBF2 gene (33% hypermethylated) are involved in the regulation of Golgi apparatus vesicles. CONCLUSIONS: Our results suggest that there are differentially methylated regions related to the formation of chylomicrons in hypertriglyceridemic patients.

DNA methylation pattern of hypertriglyceridemic subjects. / Patrón de metilación en ADN de sujetos hipertrigliceridémicos.

BACKGROUND: Chylomicronemias are generally diagnosed genetically by genomic sequencing or screening for mutations in causal genes with a large phenotypic effect. This strategy has allowed to improve the characterization of these patients, but we still have 30% of the patients without a conclusive genetic diagnosis. This is why we hypothesize that by adding the epigenetic component we can improve the genetic diagnosis, and for this we have explored the degree of methylation in the DNA of hypertriglyceridemic patients. METHODOLOGY: Blood cell DNA was obtained from 16 hypertriglyceridemic patients and from 16 age- and sex-matched control subjects. The degree of methylation in genome-wide DNA was determined using the Illumina® Infinium Methylation EPIC Array Analysis. RESULTS: We identified 31 differentially methylated cytosines by comparing the methylation patterns presented by hypertriglyceridemic patients vs. control subjects. The cg03636183 in the F2RL3 gene was 10% hypomethylated in hypertriglyceridemic patients, and has previously been associated with an increased cardiovascular risk. Cg13824500 is 10% hypomethylated in hypertriglyceridemic patients and is located in VTI1A, which is a limiting gene in the transit of chylomicrons in the enterocyte through the endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus. Cg26468118 in the RAB20 gene (13% hypomethylated) and cg21560722 in the SBF2 gene (33% hypermethylated) are involved in the regulation of Golgi apparatus vesicles. CONCLUSIONS: Our results suggest that there are differentially methylated regions related to the formation of chylomicrons in hypertriglyceridemic patients.

The relationship between IDH, P53 mutations, MGMT methylation with characteristics in high grade glioma patients / La relación entre IDH, mutaciones P53, metilación de MGMT con las características de pacientes con glioma de alto grado

ABSTRACT Introduction: Some gene mutations in high grade glioma patients have many implications in prognosis and treatment response. Objectives: To describe the characteristics and associations of IDH, TP53 gene mutations and MGMT methylation status with some characteristics and treatment response in patients with high grade glioma. Methods: A descriptive, prospective, uncontrolled study was conducted, in 52 patients with high-grade glioma. Research variables include age, sex, Karnofsky score, the rate of IDH, P53 mutation, MGMT methylation; the relationship between genes mutation with some characteristics and response to treatment according to the RECIST classification. Results: For IDH gene mutation, grade III patients (23.1%) have a higher positive rate than grade IV (11.5 %); for P53 gene mutation, grade III patients (55.6 %) have a higher positive rate than grade IV (44.1 %); the rate of MGMT promoter methylation occurred in the study group of patients with the rate of 42.3 %. There is a relationship between IDH gene mutation with pathological results and malignancy in studied patients. Patients with the mutant expression of the IDH gene, p53, MGMT methylation status had better RECIST responses than patients without these expressions. Conclusion: High-grade glioma mainly occurs in men, over 40 years old. The presence of mutations in IDH, P53 genes, and MGMT methylation status was a beneficial factor for treatment response as assessed by RECIST.

RESUMEN Introducción: Algunas mutaciones genéticas en pacientes con glioma de alto grado tienen implicaciones en el pronóstico y respuesta al tratamiento. Objetivos: Describir las características y asociaciones de IDH, mutaciones del gen TP53 y estado de metilación de MGMT con algunas características y respuesta al tratamiento en pacientes con glioma de alto grado. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, prospectivo no controlado, en 52 pacientes con glioma de alto grado. Las variables investigadas fueron: edad, sexo, puntuación de Karnofsky, tasa de IDH, mutación P53, estado de metilación de MGMT, relación entre la mutación de genes con algunas características y la respuesta al tratamiento según la clasificación RECIST. Resultados: Mutación del gen IDH: los pacientes grado III (23,1 %) tienen una tasa positiva más alta que los grado IV (11,5 %). Mutación del gen P53: los grado III (55,6 %) tienen una tasa positiva más alta que los grado IV (44,1 %). La tasa de metilación del promotor de MGMT se produjo con una tasa del 42,3 %. Existe relación entre la mutación del gen IDH con los resultados patológicos y la malignidad. Los pacientes con la expresión mutante del gen IDH, p53, estado de metilación de MGMT tuvieron mejores respuestas RECIST. Conclusión: El glioma de alto grado se presenta principalmente en hombres, mayores de 40 años. La presencia de mutaciones en los genes IDH, P53 y el estado de metilación de MGMT fue un factor beneficioso para la respuesta al tratamiento según lo evaluado por RECIST.

The heterogeneity of systemic lupus erythematosus: Looking for a molecular answer / La heterogeneidad del lupus eritematoso sistémico: buscando una respuesta molecular

ABSTRACT The heterogeneity of SLE is a major limitation when designing clinical trials and understand ing the mechanisms of the disease. The analyses conducted before the new technologies for the identification of the single cell transcriptome focused on the detection of molecular patterns such as interferon signature in total blood or through the analysis of major sepa rate cell populations, such as CD4+ T cells. The analyses of molecular patterns have mainly focused on the transcriptome and DNA methylation changes. The first studies on single cell transcriptomics have now been published for mononuclear blood cells and tissues or the knowledge derived from them, total kidney, tubules and skin keratinocytes. The latter have defined patterns of nonresponse to treatment. However, much work still needs to be done to be able to use these methods in clinical practice.

RESUMEN La heterogeneidad del lupus es una limitante al momento de diseñar estudios clínicos, así como también para nuestra facultad de comprender los mecanismos de la enfermedad. Los análisis previos a las nuevas tecnologías para la detección del transcriptoma de célula única trabajaron en la identificación de patrones moleculares, como la firma del interferón en sangre total, o a través del análisis de poblaciones celulares principales separadas, como son las células T CD4+. Los análisis de patrones moleculares se han enfocado primordialmente en el transcriptoma y en los cambios de metilación del ADN. Ya se han publicado los primeros estudios de transcriptoma de célula única para células sanguíneas mononucleares y para tejidos, riñón total, túbulos y queratinocitos de piel. Estos últimos han definido patrones de no-respuesta al tratamiento. Aún falta mucho para que los métodos o los conocimientos derivados de los mismos sean de utilidad en la práctica clínica.

Epigenetic changes in headache.

INTRODUCTION: Multiple factors, including both genetic and environmental mechanisms, appear to play a role in the aetiology of headache. An interesting area of study is the possible involvement of epigenetic mechanisms in headache development and the transformation to chronic headache, and the potential role of these factors as a therapeutic target. METHODS: We performed a literature review of the involvement of different epigenetic mechanisms in headache, mainly using the Medline/PubMed database. To this end, we used the following English search terms: headache, migraine, epigenetics, DNA methylation, histones, non-coding RNA, and miRNA. RESULTS: A total of 15 English-language publications related to the above terms were obtained. CONCLUSION: There is limited but consistent evidence of the relationship between epigenetics and headache; it is therefore essential to continue research of epigenetic changes in headache. This may help to understand the pathophysiology of headache and even to identify candidate biomarkers and new, more effective, therapeutic targets.

Relationship between BsmI polymorphism and VDR gene methylation profile, gender, metabolic profile, oxidative stress, and inflammation in adolescents / Relación entre polimorfismo BsmI y perfil de metilación del gen VDR, género, perfil metabólico, estrés oxidativo e inflamación en adolescentes

Background: the biological activity of vitamin D depends on the activity of its receptor or VDR. On the other hand, the activity of this receptor is influenced by its state of methylation. The objective of this study was to verify if the BsmI polymorphism of the VDR gene influences its methylation profile in adolescents. Secondly, it was to verify if the status of some metabolic factors (oxidative stress, inflammation, lipid profile, and glycemia) in the serum, and gender-adjusted vitamin D levels are independent factors with an influence on the VDR methylation profile. Methods and results: the study included 198 adolescents of both sexes, aged 15-19 years, who underwent testing for VDR gene methylation polymorphisms, serum vitamin D levels, and metabolic, oxidative stress, and systemic inflammation markers. It was observed that the BB genotype was less methylated than the other groups (26.1 % versus 30.3 %, and 29.3 % for Bb and bb, respectively), although without statistical differences between them. The odds ratio indicated a protection of 13 % (partially methylated) for vitamin D status, while alpha glycols increased the risk ratio (of being partially methylated) by 3 %. MDA was protective at a 28 % chance of risk that adolescents with higher levels of lipid peroxidation would be hypomethylated. Conclusion: we conclude that the methylation profile of the VDR gene is not influenced by the different BsmI polymorphism genotypes, and that serum vitamin D and serum markers of oxidative stress and inflammation can modulate this profile. (AU)

Antecedentes: la actividad biológica de la vitamina D depende de la actividad de su receptor, el VDR. Por otro lado, la actividad de este receptor está influenciada por su estado de metilación. El objetivo de este estudio es verificar si el polimorfismo BsmI del gen VDR influye en el perfil de metilación del mismo en los adolescentes. En segundo lugar, verificar si los factores metabólicos (estrés oxidativo, inflamación, perfil lipídico y glucemia) del suero y la vitamina D ajustada por sexo actúan independientemente de los polimorfismos sobre el perfil de metilación del VDR. Métodos y resultados: el estudio incluyó a 198 adolescentes de ambos sexos, de 15 a 19 años de edad, que se sometieron a análisis de polimorfismos de metilación del gen VDR, niveles de vitamina D, marcadores metabólicos, estrés oxidativo e inflamación sistémica. Se observó que el genotipo BB estaba menos metilado que los otros grupos (26,1 % contra 30,3 % y 29,3 % para Bb y bb respectivamente), aunque sin diferencias estadísticas entre ellos. El odds ratio indicó una protección del 13 % (parcialmente metilado) para el estado de la vitamina D, mientras que los alfa glicoles aumentaron el índice de riesgo (de estar parcialmente metilado) en un 3 %. La MDA fue protectora con un 28 % de probabilidad de riesgo de que los adolescentes con niveles más altos de peroxidación lipídica fueran hipometilados. Conclusión: concluimos que el perfil de metilación del gen VDR no está influenciado por los diferentes genotipos del polimorfismo BsmI y que la vitamina D y los marcadores de estrés oxidativo e inflamación en el suero pueden modular este perfil. (AU)

Relationship between BsmI polymorphism and VDR gene methylation profile, gender, metabolic profile, oxidative stress, and inflammation in adolescents.

INTRODUCTION: Background: the biological activity of vitamin D depends on the activity of its receptor or VDR. On the other hand, the activity of this receptor is influenced by its state of methylation. The objective of this study was to verify if the BsmI polymorphism of the VDR gene influences its methylation profile in adolescents. Secondly, it was to verify if the status of some metabolic factors (oxidative stress, inflammation, lipid profile, and glycemia) in the serum, and gender-adjusted vitamin D levels are independent factors with an influence on the VDR methylation profile. Methods and results: the study included 198 adolescents of both sexes, aged 15-19 years, who underwent testing for VDR gene methylation polymorphisms, serum vitamin D levels, and metabolic, oxidative stress, and systemic inflammation markers. It was observed that the BB genotype was less methylated than the other groups (26.1 % versus 30.3 %, and 29.3 % for Bb and bb, respectively), although without statistical differences between them. The odds ratio indicated a protection of 13 % (partially methylated) for vitamin D status, while alpha glycols increased the risk ratio (of being partially methylated) by 3 %. MDA was protective at a 28 % chance of risk that adolescents with higher levels of lipid peroxidation would be hypomethylated. Conclusion: we conclude that the methylation profile of the VDR gene is not influenced by the different BsmI polymorphism genotypes, and that serum vitamin D and serum markers of oxidative stress and inflammation can modulate this profile.

INTRODUCCIÓN: Antecedentes: la actividad biológica de la vitamina D depende de la actividad de su receptor, el VDR. Por otro lado, la actividad de este receptor está influenciada por su estado de metilación. El objetivo de este estudio es verificar si el polimorfismo BsmI del gen VDR influye en el perfil de metilación del mismo en los adolescentes. En segundo lugar, verificar si los factores metabólicos (estrés oxidativo, inflamación, perfil lipídico y glucemia) del suero y la vitamina D ajustada por sexo actúan independientemente de los polimorfismos sobre el perfil de metilación del VDR. Métodos y resultados: el estudio incluyó a 198 adolescentes de ambos sexos, de 15 a 19 años de edad, que se sometieron a análisis de polimorfismos de metilación del gen VDR, niveles de vitamina D, marcadores metabólicos, estrés oxidativo e inflamación sistémica. Se observó que el genotipo BB estaba menos metilado que los otros grupos (26,1 % contra 30,3 % y 29,3 % para Bb y bb respectivamente), aunque sin diferencias estadísticas entre ellos. El odds ratio indicó una protección del 13 % (parcialmente metilado) para el estado de la vitamina D, mientras que los alfa glicoles aumentaron el índice de riesgo (de estar parcialmente metilado) en un 3 %. La MDA fue protectora con un 28 % de probabilidad de riesgo de que los adolescentes con niveles más altos de peroxidación lipídica fueran hipometilados. Conclusión: concluimos que el perfil de metilación del gen VDR no está influenciado por los diferentes genotipos del polimorfismo BsmI y que la vitamina D y los marcadores de estrés oxidativo e inflamación en el suero pueden modular este perfil.

Modificaciones epigenéticas en las cefaleas / Epigenetic changes in headache

Introducción: En las cefaleas parece existir una influencia multifactorial, tanto de mecanismos genéticos como ambientales, siendo interesante el estudio de la posible participación de mecanismos epigenéticos en su desarrollo, cronificación y potencial papel como diana terapéutica.MétodosHemos llevado a cabo una revisión bibliográfica, principalmente a través de la base de datos Medline/PubMed, de la implicación de los distintos mecanismos epigenéticos en las cefaleas. Para ello hemos utilizado los términos de búsqueda en inglés: headache, migraine, epigenetics, DNA methylation, histones, non-coding RNA y miRNA.ResultadosSe obtuvieron un total de 15 publicaciones en idioma inglés relacionadas con los términos anteriores.ConclusionesExisten indicios de la relación entre la epigenética y las cefaleas, siendo imprescindible, debido al reducido número de estudios, continuar con la investigación de las modificaciones epigenéticas en las cefaleas. Esto podría ayudar a comprender la fisiopatología de las cefaleas e incluso identificar biomarcadores y nuevas dianas terapéuticas más eficaces. (AU)

Introduction: Multiple factors, including both genetic and environmental mechanisms, appear to play a role in the aetiology of headache. An interesting area of study is the possible involvement of epigenetic mechanisms in headache development and the transformation to chronic headache, and the potential role of these factors as a therapeutic target.MethodsWe performed a literature review of the involvement of different epigenetic mechanisms in headache, mainly using the Medline/PubMed database. To this end, we used the following English search terms: headache, migraine, epigenetics, DNA methylation, histones, non-coding RNA, and miRNA.ResultsA total of 15 English-language publications related to the above terms were obtained.ConclusionThere is limited but consistent evidence of the relationship between epigenetics and headache; it is therefore essential to continue research of epigenetic changes in headache. This may help to understand the pathophysiology of headache and even to identify candidate biomarkers and new, more effective, therapeutic targets. (AU)

Evaluación de la metilación del DNA en tejidos de cáncer colorrectal fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE) / Evaluation of DNA methylation in formalin-fixed, paraffin embedded colorectal cancer tissues (FFPE)

Resumen Las alteraciones en la metilación de dinucleótidos CpG en regiones promotoras es uno de los mecanismos epigenéticos implicados en cáncer que tiene uso potencial como biomarcador. Su evaluación, a partir de tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE), representa un gran desafío dadas la degradación parcial, el entrecruzamiento y las bajas cantidades del DNA obtenido. En esta nota técnica, describimos un protocolo para el estudio del estado de metilación del promotor distal del proto-oncogén K-RAS, a partir de varias muestras obtenidas de dos tejidos FFPE de cáncer colorrectal con antigüedad de 11 años. Se empleó un protocolo de conversión con bisulfito alternativo al usual; se usó una DNA polimerasa modificada y una PCR anidada y se optimizó la secuenciación directa del DNA convertido con bisulfito. Este protocolo podría ser aplicado para determinar estados de metilación en otros genes y tipos de cáncer en tejidos FFPE.

Abstract Alterations in the methylation of CpG dinucleotides in promoter regions is one of the epigenetic mechanisms involved in cancer that has potential use as a biomarker. Its evaluation from formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues represents a great challenge given the partial degradation, crosslinking, and low amounts of the obtained DNA. In this technical note we describe a protocol for the study of the methylation status of the distal promoter of the K-RAS proto-oncogene from several samples obtained from two 11-years old FFPE tissues of colorectal cancer. An alternative bisulfite conversion protocol to the usual one was used; a modified DNA polymerase and a nested PCR were used and the direct sequencing of the converted DNA with bisulfite was optimized. This protocol could be applied to determine methylation states in other genes and types of cancer.